元太科技廢棄物管理以合乎法規及降低環境衝擊為主要考量，廠區內廢棄物以可回收再利用為優先，無法回收者則予集中貯存以焚化處理，無法焚化者才以掩埋方式處理。
2022 年元太科技全球廠區因產能提升廢棄物產出總量為2,981 公噸，較前一年增加78% ； 廢棄物產生量密集度則為99.2 公斤/ 百萬新台幣，較前一年增加約16% ； 廢棄物回收率為38%，與2021 年相同。2022 年前半年，由於新竹廠新產線處於試營運階段，因此廢棄物產出及密集度較去年提升，規劃於2023 年新竹廠將恢復穩定生產。
元太科技為邁向零廢棄物掩埋目標（ UL2799 認證）及落實廢棄物資源化政策。元太科技廠區內將製程所產出數十項塑膠原料加以分類管理，投入製作再生產品、重複利用或能源化，確保所產出廢棄物能循環使用。同時，也與集團企業永豐餘工業用紙股份有限公司合作，將產出廢棄物投入造紙原料或再製燃料棒以落實循環經濟。
元太科技為了持續提高客戶服務滿意度及提高產品再利用率，針對售出之電子紙模組提供退貨及維修服務。2023年，元太科技之退貨更換及維修(Return merchandise authorization, RMA)產品總重量為8.6公噸，產品經過維修後之再利用率達41.5%，同時產品再利用只產生成本並未產生正面經濟效益。同時，元太科技將持續研發相關技術流程，進一步突破產品維修技術瓶頸，以提高RMA再利用率。
